Viral genome characterization facilitated by the agilent 5200 fragment analyzer system

Resumen:

Yanina Panzera, Ph.D., profesora de la Universidad de la República (UdelaR) y su equipo de trabajo realizan estudios dedicados a descubrir la evolución de los genomas virales y desarrollar nuevos métodos de detección para explorar distintas variantes genéticas. Ellos utilizan la diversidad genética del SARS COV 2 para analizar la aparición y evolución del virus.

Mediante el empleo del Fragment Analyzer detectaron una deleción de 872 nucleótidos, esta mutación es la más grande descrita en la literatura para una variante del SARS CoV 2 hasta la fecha. A su vez la Dra Panzera y su equipo detectaron pequeñas mutaciones de 12 y 68 nucleótidos respectivamente.

El sistema Fragment Analyzer fue la mejor opción para el control de calidad para la preparación de librerias NGS debido a su capacidad de distinguir fragmentos de ADN que difieren sólo en unos pocos nucleótidos. Por estas razones, el instrumento sirvió para dos propósitos: para el análisis de control de calidad de la librerias NGS y para el análisis de fragmentos de amplicón de PCR como un método de detección rápido de identificación posterior a las librerías NGS.